INRAE - MaIAGE Laboratoire de recherche
Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement
Lieu de stage
Domainbe de Vilvert Jouy-en-Josas, France
De l’analyse Bioinformatique à l'expérience utilisateur : amélioration full-stack d'un pipeline pour l'identification microbienne par MALDI-TOF Sujet (PDF)
Le stage s'inscrit dans le consortium européen MALDIBANK, qui construit une banque ouverte de spectres MALDI-TOF pour l'identification microbienne. Le projet développe GPMsDB, un outil prédisant les spectres à partir du génome avec >90 % de précision.
Le stage porte sur trois axes :
1. Mise à jour : intégrer GTDB R232 (avril 2026) : 901 341 génomes
2. Amélioration : affiner l'annotation protéique et les scores d'assignation taxonomique
3. Interface : développer une visualisation ergonomique des résultats
Le travail se déroulera à MaIAGE (INRAE, Jouy-en-Josas) au sein de l'équipe StatInfOmics, avec accès aux ressources de calcul Migale.
- Niveaux d’étude
- Stage Bac+5
Thématiques
- Science des données
- Bioinformatique
- Systèmes d'Information et technologies web
- Algorithmique
- Ergonomie
Contacts du stage
Contact du stage : Marthey Sylvain